Bodajk a Bakony keleti lábánál, a Móri-árok peremén fekszik. A település első írásos említésével a 12. század végén találkozunk. A johannita lovagrend Szent Istvánról nevezett székesfehérvári házának tett korábbi uralkodói adományokat III. Béla király 1193-ban oklevéllel erősítette meg. Az ebben felsorolt birtokok között olvashatjuk több környékbeli településsel együtt Bodajk nevét is, Bodogth formában. A falu a török hódításig a johanniták birtoka maradt.
Székesfehérvár 1543. évi elestével a város tágabb környéke, így Bodajk is a hódoltság részévé vált. Lakossága megfogyatkozott, majd a 17. század végi felszabadító háborúk során a település el is néptelenedett. A török kor után a terület a csókakői váruradalom része lett, amelyet 1691-ben Johann Hochburg vásárolt meg I. Lipót királytól.
Az új birtokközpontba, Mórra a család 1695-ben kapucinus szerzeteseket hívott, a birtokra pedig németeket telepítettek be. Az uradalom 1752-ben aztán öt családtag között megosztva öröklődött tovább: Bodajk Hochburg Anna Máriának, Berényi György feleségének jutott osztályrészül. Ő és utódai folytatták annak a 17. század végén megkezdett munkának a támogatását, aminek eredményeként a Bodajkon időközben megépült kegytemplom jelentős vonzáskörű kegyhellyé vált.
A bodajki egyház középkori történetére vonatkozóan egykorú forrással sajnos nem rendelkezünk, csupán feltételezhetjük, hogy a birtokos johanniták templomról és temetőről is gondoskodtak.
A templom írott története a 17. század végén kezdődik. A móri kapucinusok, akik a bodajki plébánia jogait is megkapták Széchényi Pál veszprémi püspöktől, azonnal felfigyeltek a település adottságaira, mind erről pedig részletesen be is számoltak a kolostoruk életét dokumentáló háztörténetben. Az 1696-ban mindössze tizenegy református család által lakott Bodajk két szempontból is érdekes volt számukra: egyrészt a bőséges vízhozamú, gyógyvízként is használt forrás keltette fel a figyelmüket, amely igen alkalmasnak tűnt egy kallómalom működtetésére, másrészt pedig a mellette talált kápolna romjai. Ez utóbbit a megtelepedést részletesen leíró forrás a helybeliek szóbeszédére hivatkozva egy Szent István korában Szűz Mária tiszteletére szentelt, és az államalapító király által is gyakran látogatott helyként mutatja be.
Bodajk újkori katolikus életének megteremtője a móri kapucinus házfőnök, páter Steyri Willibald volt. Tevékenységének köszönhetően rögtön a móri megtelepedést követően megkezdődött a bodajki Mária-kegyhely kiépítése is, amely a helyben lakók katolizálására, az újonnan érkező telepesek integrálására, de a kapucinus jövedelmek gyarapítására is alkalmas volt. A kultusz számára páter Willibald Bécsben oltárképet is készíttetett, mégpedig a betelepülők által jól ismert passaui Segítő Szűz Mária képének másolatát. Az 1697-re elkészülő kápolna azonban a meginduló zarándoklatok következtében hamarosan szűknek bizonyult, így a bővítés igénye már az 1720-as években felmerült. A jelenleg is álló új templomot, melynek építője Häzinger Pál kőművesmester volt, végül 1742. szeptember 30-án szentelte fel Berényi Zsigmond pécsi püspök. A templombelső díszítése ugyan igénybe vett még néhány évtizedet, de 1786-ra a festés is elkészült Franz Xaver Bucher és Hesz János Mihály munkája nyomán.
A kapucinus rendet II. József király eltörölte, a szerzeteseknek 1788. után a bodajki rendházukat is el kellett hagyniuk. A plébániát azóta a székesfehérvári egyházmegye papsága látja el, méltó módon követve az alapító atyák lelkiségét. A zarándoklatok, búcsújárások számának növekedése miatt Shvoy Lajos megyéspüspök szorgalmazására az 1930-as évektől megindult a kegyhely átépítése, bővítése. Az Urbányi Vilmos tervei alapján megvalósuló munka megáldására 1948 szeptemberében került sor Mindszenty József bíboros prímás jelenlétében, aki a Boldogasszony-év keretében tízezres hallgatóság előtt celebrált Bodajkon szentmisét. A fejlesztés hetven évvel később, Spányi Antal főpásztor támogatásával teljesedhetett ki. A 2016-tól teljes körűen megújuló kegyhely napjainkban régi fényét visszanyerve, de a 21. századi követelményeknek megfelelően várja látogatóit, Segítő Szűz Mária tisztelőit, hogy ismét elfoglalhassa méltó helyét szűkebb és tágabb környezetének vallásos életében.
